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Die Sammlung umfasst 1458 Exemplare von 341 Vogelarten. Vom späten 18. Jahrhundert bis zum Jahr 1910 wurden die ausgestellten Vögel geschossen und ausgestopft. Später ist die Sammlung mit verunglückten Vögeln erweitert worden. Unter Berücksichtigung der heutigen modernen Jagdgesetze wäre es unmöglich, eine Sammlung dieser Größe zu schaffen. Herman Nyqvist hat mit ca. 1.000 Vögeln die meisten ausgestellten Tiere sowohl geschossen als auch konserviert. Die Konservierung wurde auf hochwertige fachmännische Art ausgeführt, was zum hohen Wert der Sammlung beiträgt. Für die meisten Exemplare sind sowohl Fundort als auch Abschussdatum vermerkt.
 
Die Vogelsammlung enthält bezaubernde Exemplare von Raubvögeln, Selzen, Wildenten, Spechten und Sperlingsvögeln. Als Beispiele können Wanderfalke, Grönländischer Jagdfalke, Kampfläufer, Löffelente, Mittelspecht, Ringdrossel und Blauracke genannt werden. Alle Vogelarten, die zur Zeit der Entstehung des Museums in Schweden brüteten oder regelmäßig Halt gemacht haben, sind in der Sammlung vertreten. Darüber hinaus gibt es Arten, die zu dieser Zeit nur zufällig in Schweden angetroffen wurden. Die Zusammensetzung der Vogelfauna verändert sich ständig unter Beobachtung über einen längeren Zeitraum. Einige Arten kommen als Brutvögel hinzu, während andere leider verschwinden. Als Beispiel für Vögel die nicht mehr in unserem Land brüten, können Papageitaucher, Storch und Mittelspecht genannt werden. Andere Arten sind bedroht und brauchen deshalb besonderen Schutz um zu um überleben. Zu den bedrohten Arten gehören Zwerggans, Wanderfalke, Weißrückenspecht und Haubenlerche.

In einem von den Vögeln getrennten Teil des Museums, ist eine Eiersammlung eingerichtet, die über einen Zeitraum von ungefähr 100 Jahren zusammengetragen wurde. Den größten Teil dieser Sammlung schenkte Forstmeister Edvard Wibeck der Stadt Jönköping im Jahr 1943. Sie umfasst ca. 170 schwedische Arten, die in der Umgebung von Jönköping, Värnamo und in großen Teilen von Norrland zusammengetragen wurden. Darüber hinaus ist die Eiersammlung durch den Aufkauf anderer Sammlungen erweitert worden. Insgesamt sind dadurch ca. 2.580 Eier von 281 Arten im Vogelmuseum zu sehen. Die ältesten Eier sind fünf Eier von Zwergdommeln, datiert 18. Juni 1866.

In dem Teil des Museums, der die Eiersammlung beherbergt, ist außerdem eine wertvolle Fotodokumentation über Nestbau und Biotope untergebracht. 179 dieser Fotos stammen von Paul Rosenius und 121 fotografierte Edvard Wibeck. Die Fotoausrüstungen der beiden sind ebenfalls im Museum ausgestellt.